シュウとキサラの奮闘で、退魔局はシャロンの身柄を拘束することに成功し、ベイロンシティにはひとまずの平穏が戻った。シュウはふたたび、協力者である三上、マイルズとともに、少し前から連続して起こっている、何らかの人物の意志が介在したＤ災害の真相を追い、殺された悪魔代理人、花村ジュンヤの背後に潜んでいると予想される、「真代理人」の正体を突き止めようと、推理を重ねる。そして、重ねた思考の果てに、三上はある結論にたどり着き、急いでシュウに連絡をとろうとするが……。